Lokalizacja patogenu (francuska lokalizacja, od Lat. Localis - lokalny) - miejsce (narządy, tkanki i części ciała) przeważającej obecności w ciele osoby zakażonej lub zwierzęcego czynnika wywołującego chorobę zakaźną.
Rodzaje lokalizacji patogenu:
- wtórny - z rozprzestrzenianiem się patogenu od ogniska pierwotnej lokalizacji;
- pierwotny - gdy czynnik zakaźny jest wprowadzany do organizmu, ze względu na mechanizm jego przenoszenia.